Kementerian Kesehatan RI memiliki target eliminasi malaria sepenuhnya pada tahun 2030. Pencapaian eliminasi malaria dilakukan secara bertahap. Tahapan-tahapan untuk mencapai target tersebut yaitu: kasus terakhir penularan setempat pada tahun 2025,  semua provinsi mencapai eliminasi malaria pada tahun 2028, dan Indonesia mencapai eliminasi pada 2030.

Pencapaian eliminasi malaria tahun 2030 dilakukan secara bertahap. Tahapan  eliminasi malaria yaitu tingkat kabupaten/kota, provinsi, regional dan nasional. Secara historis, pemerintah masih dalam jalur yang sesuai dalam mencapai target tersebut. Capaian eliminasi tingkat kabupaten/kota pada tahun 2016 sebanyak 247 atau melebihi target capaian dari tahun tersebut, yaitu 245. Sementara pada 2017, pemerintah memperluas capaian eliminasi malaria menjadi 266 kabupaten/kota dari target 265 kabupaten/kota. Target eliminasi ini meningkat tiap tahunnya dan hingga masa sebelum pandemi, target tersebut masih tercapai, yakni 285 kabupaten/kota di tahun 2018 dan 300 kabupaten/kota di tahun 2019. 

Eliminasi malaria di tingkat kabupaten/kota adalah upaya untuk menghentikan penularan malaria dalam wilayah geografi tertentu. Pada tahun 2020, pemerintah menargetkan 325 kabupaten/kota dengan sertifikasi bebas malaria dan tidak ada lagi daerah endemis tinggi malaria di Indonesia. Tantangan baru muncul seiring dengan pandemi COVID-19. Masyarakat di daerah endemis tinggi harus jauh lebih hati-hati, sebab tinggi kemungkinan pasien terjangkit malaria dan COVID-19 secara bersamaan. 

Kegiatan program malaria seperti pelatihan sumber daya manusia (SDM) sebagai kader malaria di daerah endemisitas tinggi, misalnya Provinsi Papua, tetap berlangsung dengan mengikuti protokol kesehatan pencegahan COVID-19. Kader malaria dilatih untuk melakukan deteksi dan pengobatan malaria.

Kader malaria yang pada masa sebelum pandemi biasanya mengunjungi rumah-rumah penduduk secara aktif, kini terpaksa menjadi lebih pasif dan menunggu adanya pasien yang datang. Tindakan ini mengikuti kebijakan pembatasan sosial berskala besar (PSBB) yang menganjurkan pembatasan mobilitas fisik seluruh elemen masyarakat. Namun, kader malaria sebisa mungkin tetap aktif melakukan kegiatan program malaria seperti pembagian kelambu pada masyarakat setempat, dan melakukan promosi kesehatan.

Sementara itu kegiatan sosialisasi program malaria tetap dilaksanakan dengan menggunakan metode dalam jaringan (daring). Salah satunya dalam rangka Peringatan Hari Malaria Sedunia (HMS), Kementerian Kesehatan mengadakan webinar untuk mengimbau masyarakat dalam melakukan kegiatan pencegahan dan penanggulangan penyakit malaria di tengah pandemi COVID-19. HMS yang diperingati setiap tanggal 25 April tersebut mengusung tema Bebas Malaria, Prestasi Bangsa Bersatu Lawan Malaria dan COVID-19 untuk Indonesia Sehat.

Selain pandemi COVID-19, masih ada tantangan-tantangan lain dalam upaya mencapai eliminasi malaria di Indonesia pada tahun 2030. Daerah-daerah endemis tinggi sebagian besar berada di bagian timur Indonesia, yang membutuhkan pendekatan khusus secara sosial dan budaya dalam pelaksanaan kegiatan penanggulangan malaria dengan penyesuaian terhadap kondisi geografis yang mayoritas sulit untuk dicapai. Sementara itu, adanya komunitas adat, penambang dan pembabat hutan ilegal, serta mobilitas tinggi dengan penduduk dari daerah endemis tinggi masih menjadi tantangan besar untuk daerah-daerah endemis rendah.

Pada daerah endemis, malaria masih menjadi masalah kesehatan terutama pada kelompok berisiko tinggi yaitu ibu hamil dan balita. Malaria dapat mengakibatkan anemia, keguguran, gangguan pertumbuhan dan perkembangan janin (pada ibu mengandung) dan balita, serta gangguan fisik seperti kegagapan atau gangguan fungsi kognitif pada otak.

Dalam upaya mencapai eliminasi malaria tahun 2030, salah satu strategi yang dilakukan pemerintah pusat adalah mendorong komitmen pemerintah daerah, terutama pada daerah endemis tinggi, dalam hal pengendalian malaria dan juga dukungan aktif dari segenap pemangku kepentingan dan masyarakat lokal sendiri untuk turut berkontribusi secara signifikan dalam pencegahan malaria dan mempertahankan status bebas malaria bagi daerah-daerah yang sudah mencapai status eliminasi malaria.